Endurhæfing miðar að því að gefa einstaklingnum tækifæri til að efla færni sína á ýmsum sviðum. Boðið er upp á námskeið, hópastarf, fræðslu og eflingu þar sem lögð er áhersla á að auka þekkingu og vitund einstaklingsins á uppbyggilegum málefnum sem stuðla að bata hans. Námskeiðið Hugur og heilsa er veigamikill hluti endurhæfingarinnar í Björginni.
Allir sem eru í endurhæfingu í Björginni fá ráðgjafa sem heldur utan um þeirra endurhæfingu með þeim. Viðkomandi fær aðstoð við að sækja um endurhæfingarlífeyri hjá Tryggingastofnun ríkisins ef við á og gerð er endurhæfingaráætlun. Þar kemur fram í hverju endurhæfing viðkomandi mun felast en þar á meðal eru hópatímar á þriðjudögum og fimmtudögum, viðtal hjá ráðgjafa hverja eða aðra hverja viku og einhvers konar virkni yfir daginn. Gerð er krafa um 80% mætingu í endurhæfingu.